Az ezredforduló utáni első kupadöntőt az MTK nyerte (a Vasast győzték le a Népstadionban 3-1-re), majd folytatódott a sorminta, és újra a Debrecen következett, ám a Vidi 5-1-es legyőzésével Magyar Kupát nyerő Loki nem sokáig örülhetett története második trófeájának. A 2001-es bajnokságban a kiesés ellen küzdő csapat egy héttel a döntő után csak 0-0-t játszott Kispesten, és ezzel kiesett az első osztályból. Végül a debreceniek megtarthatták NBI-es tagságukat, mert a feljutó BKV Előre nem vállalta az első osztályt.
2002-ben a Haladás harmadszor is bejutott a döntőbe, de ezúttal sem tudott nyerni, mert a hajrágólok specialistája, az Újpest legyőzte. A lilák a negyeddöntőben 11-esekkel verték ki a Fradit, aztán az elődöntőben is büntetőpárbajban jutottak tovább a Tatabányát, a fináléban pedig a hosszabbítás utolsó percében Robert Vagner szerezte meg a győztes gólt.
A 2003-as kupadöntőben a Fradi legyőzte a Debrecent, a bajnoki versenyfutást azonban elbukta a Lokival szemben. Egy évvel később újra a Fradi nyert, ez volt a klub 20. kupagyőzelme, bár ez a szezon mégsem vonult be a klub aranykönyvébe, hiszen a Fradi mindössze egy első osztályú csapatot ejtett ki a sorozatban, és a döntőben is az akkor másodosztályú Honvédot győzte le. Érdekesség, hogy ebben az évben egyetlen csatorna sem tűzte műsorára a Magyar Kupa-döntőt.
Egy újabb elsőbálózó: a Sopron
Az évtized közepén új győztest ünnepelt a sorozat: a Matáv Sopron emlékezetes, botrányos döntőben verte 5-1-re a Fradit, amelyet a döntőben bemutatott sportszerűtlen viselkedése miatt egy évre kizárt a sorozatból az MLSZ. A Sopront vezető Pintér Attila példátlan bravúrt érhetett volna el, hiszen 2004-ben a Fradival, 2005-ben a Sopronnal nyert Magyar Kupát, egy évvel később pedig már a Vasast irányítva játszott döntőt, ám 2006-ban új győztest avattak: a Videoton büntetőkkel győzte le a Vasast a fináléban.
Soproni örömmámor - nem akármilyen döntőben verték meg a Fradit
Fotó: MTI
A következő négy kupadöntő a Honvédról és a Debrecenről szólt, hiszen valamelyik - vagy éppen mindkettő - mindig ott volt a fináléban. 2007-ben 11-esek döntöttek a Honvéd javára, 2008-ban viszont a kétmeccses döntőt 9-1-es összesítéssel nyerte meg a Loki. A debreceniek 7-0-s győzelme a Bozsik stadionban minden idők második legnagyobb különbségű sikere kupadöntőben, a rekordot a Fradi tartja, amely 1933-ban tizenegyet vágott az Újpestnek. 2009-ben újra a Honvédon volt a sor, amely a Győrt győzte le úgy, hogy a két meccsen összesen egy gól született.
(Fejléckép: MTI Archív)