Az 1990-es évek úgy kezdődtek, hogy a Honvéd zsinórban harmadszor is döntőbe jutott, de a címét nem tudta megvédeni, mert Garami József Pécsi MFC-je - Bérczy és Lehota góljaival - 2-0-ra legyőzte a fináléban. A rendszerváltás elsöpörte a MNK-ból az N-t, az első Magyar Kupa-döntőt pedig a Fradi nyerte meg, méghozzá a szárnyait bontogató, Csank János-féle Vác ellen 1-0-ra. A váciak egy év múlva visszatértek a fináléba, de 1992-ben ugyanúgy 1-0-ra elveszítették, csak ezúttal nem a Fradi, hanem az Újpest ellen (amely pont a Ferencvárost ejtette ki az elődöntőben). A váci szívek nem véletlenül szakadtak meg, hiszen a bajnoki versenyfutást egy ponttal veszítették el, a kupadöntőben pedig (hiába játszották a döntőt Békéscsabán, ahol Csank miatt rengetegen drukkoltak a Vácnak) hosszabbításban kaptak ki a liláktól. A győztes gólt Eszenyi Dénes lőtte a 117. percben.
Nyilasi Tiborral a kispadon szárnyalt a Ferencváros, amely bajnoki címe után zsinórban háromszor nyerte meg a Magyar Kupát, miközben a lebonyolítás is változott. A következő öt döntőt oda-visszavágós rendszerben bonyolították le, a Fradi 1993-ban a Haladást, 1994-ben a Honvédot (ez volt az emlékezetes rendőrrohamot hozó, kardlapozós döntő), 1995-ben újra a Vácot győzte le az ekkor már Novák Dezső által irányított, a BL-ben is főtáblára jutó csapat.
72 év után duplázott az MTK
Az utolsó kétmeccses finálét az MTK nyerte meg a zsinórban kétszer döntőt játszó, de mindkettőt elveszítő BVSC-vel szemben, és a Hungária körúton annyira rákaptak az arany ízére, hogy a következő három kiírásból kettős is megnyertek. Ekkor alakult ki az MTK-nál a Lőrincz-Illés-Halmai-Orosz tengely, és a sikerek nem is maradtak el, a bajnokságban is taroltak a kék-fehérek, akik 1997-ben (hetvenkét év után) duplázni tudtak.
De nemcsak Budapesten alakult ekkor nagy csapat, hanem vidéken is: addigi története legnagyobb sikerét aratva 1999-ben a Debrecen nyerte meg a Magyar Kupát, és mint kiderült, ez egy nagyszerű sorozat kezdete volt. A másodosztályú Tatabánya ellen megnyert finálénak azonban komoly utóélete volt, a Bányásznál annyira elégedetlenek voltak Puhl Sándor közreműködésével, hogy megóvták a döntőt, ám a szövetség elutasította a beadványt. További jó hír volt a Lokinak, hogy - bár rezgett a léc - nem ment csődbe a klub a következő években.
(Fejléckép: TempoFradi)